Fin dall’età del Bronzo del II millennio a.C. si sono testimonianze di diversi piccoli abitati nel territorio aronese (Lagoni di Mercurago -palafitte, Rocca, via Piave), benché già in età preistorica fosse già frequentato, come isolati reperti del Neolitico Antico e dell’età del Rame, rispettivamente del VI e III millennio.
Infatti è recentissima la scoperta di un nucleo abitativo del Bronzo Finale del XI – X secolo a.C. prima presenza sul pianoro della città, nel parco di Villa Cantoni, che era abitato già prima di tremila anni fa e ci sono tracce di successivi insediamenti di una popolazione galloromana dal II a.C. alla tarda romanità.
E’ in quel momento che nasce il nome Arona sulla cui etimologia ci sono diverse interpretazioni, ma di quell’epoca non ci sono al momento testimonianze, anche se si sono reperti di alcune necropoli d’epoca romana nel museo cittadino di Piazza San Graziano).
Alla fine del X secolo in un castrum preesistente accanto al villaggio fu fondata un’Abbazia Benedettina dal conte Amizzone del Seprio che vi portò i corpi dei martiri Graziano e Felino e da allora la comunità si sviluppò rapidamente.
Nella seconda metà del 1100 Arona divenne libero comune, in cui si rifugiarono parecchi milanesi che scamparono alla dominazione dei Barbarossa, e a quell’epoca risale il mercato tradizionale.
Il ruolo economico del suo porto commerciale, delle sue fiere e mercati e quello militare della Rocca fecero di Arona un presidio lacustre importante per i Visconti e il Ducato di Milano.
Arona nel 1439 fu infeudata a Vitaliano Borromeo, ricco banchiere e ’ministro delle finanze‘ del duca Filippo Maria Visconti e in seguito conte di Arona.
Il piccolo borgo di pescatori ebbe un castello potenziato ed un porto militare ben difesi da solide mura fortificate, che in abbinamento alla Rocca di Angera chiudevano i transiti del basso lago.
E proprio nel Castello sulla Rocca nel 1538 nacque San Carlo Borromeo, che divenuto arcivescovo milanese beneficò in mille modi il suo paese natale.
Il territorio passò sotto la dominazione francese, spagnola ed austriaca, durante le guerre di successione nel 1600, poi ai Savoia, sempre sotto la signoria dei Borromeo fino all’abolizione dei feudi nel 1797.
Di lì a poco la roccaforte venne fatta smantellare da Napoleone, sceso alla conquista dell’Italia e da questo momento Arona sarà legata ai francesi fino al 1817, quando tornerà ai Savoia durante il Congresso di Vienna.
Carlo Alberto di Savoia le conferì il titolo di città nel 1838 e nel 1848 Giuseppe Garibaldi entrò in città durante la I Guerra d’Indipendenza, vi ritornerà poi nel 1859.
Nel 1868 si verificò la più disastrosa inondazione del lago e ad Arona vi sono targhe che ricordano questo evento e segnano il livello a cui l’acqua giunse all’epoca (+7,6 metri sopra il livello di magra consueto).